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生物制藥無菌室空氣凈化工程是屬于生物凈化工程的一種，一般無菌室要求的潔凈度為萬級，標準的微生物檢測實驗室都會專門開辟5~8個平方出來建造無菌室，無菌室只要夠放置實驗室樣品及必需的設備即可，面積無需過大而造成浪費，面積過大對于做無菌室空氣凈化工程來說不僅僅是提高建造成本而已，日后的運行及維護費用也會高的令人驚訝。一般微生物檢測按照實驗室行業要求都需要在無菌室中進行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺中完成檢測和化驗的。
隨著社會科技發展，越來越重視食品安全問題，無菌室空氣凈化工程也在不斷的普及。有了無菌室凈化工程，將超凈工作臺放置于無菌室內操作，使實驗環境更加潔凈，實驗樣品不易于被污染。無菌室內配置了百級超凈工作臺也并不是所有細菌都可以進行實驗的，一般常規的菌落總數、微生物培養、血細胞培養、研究、干細胞研究、大腸菌等實驗可以在百級超凈臺進行。但是如果需要做致病細菌，為了達到保護實驗室人員的安全問題，就必須得建造生物安全實驗室，使用生物安全柜進行實驗。該類實驗不能在普通的無菌實驗室中進行。
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